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小米手机短信加密设置可以通过以下几种方法实现。
方法一（应用锁）：
1、打开小米手机，在桌面上找到设置选项。
2、进入设置页面后，找到并点击应用锁选项。
3、在应用锁页面中，找到短信并点击开启按钮，即可为短信应用设置加密。
方法二（隐私空间）：
1、在小米手机中找到设置选项，点击进入隐私保护选项。
2、进入隐私保护页面后，找到隐私空间选项并进入，在此页面中，可以设置一个独立的密码和指纹访问隐私空间。
3、在隐私空间内可以安装一些软件或存储一些文件等，短信也可以存放在隐私空间内，从而实现加密效果，需要注意的是，隐私空间内的内容默认是隐藏的，只能通过设置的密码或指纹进行访问。
方法三（第三方软件）：
还可以从应用商店下载第三方加密软件来对短信进行加密，具体的软件操作方式可能会因软件而异，一般会有创建加密文件夹或设置密码等步骤。
需要注意的是，以上方法都需要设置相应的密码或指纹识别等安全措施来保护短信的隐私，为了保证安全，建议定期更换密码并避免使用过于简单的密码，也要谨慎选择第三方加密软件，避免下载恶意软件造成手机数据泄露或损失。